Vilkaviškio dvaras galėjo būti įkurtas po 1744 m. Panaikinus baudžiavą dvaru imta vadinti tik dvaro sodybą su tam tikru žemės plotu. Vilkaviškio dvare 1812 m. birželyje apsistojęs Prancūzijos imperatorius Napoleonas miesto laukuose surengė kariuomenės paradą ir paskelbė atsišaukimą – faktišką karo pradžios paskelbimą Rusijai. Pasakojama, kad Napoleonas pažadėjęs, jei laimės karą prieš Rusijos imperiją, Vilkaviškį padarysiąs mažuoju Paryžiumi. Napoleono buvimą mūsų mieste beveik pusantro šimto metų priminė liepa kurijos sode ir girnų akmens stalas, prie kurio sėdėjo imperatorius.

Šiandien tai byloja tik nuotraukose įamžintos istorijos relikvijos. Tačiau netoli Gižų pieninės yra kauburys, kurį, anot pasakojimų, šalmais supylė Napoleono kariai – mat ten stovėjęs imperatorius ir žvelgęs į pražygiuojančias armijos voras. Prie plento iš Vilkaviškio į Pilviškius, maždaug už pusantro kilometro nuo miesto, alyvom ir brūzgais apaugusios rėpso pamirštos mirusių Napoleono karių kapinaitės. Pirmojo pasaulinio karo metais dvare gyveno vokiečiai. Vėliau dvarą su 80 ha žemės nupirko kunigai, kadangi šalia buvo kunigų seminarija. Dvare įsikūrė Vilkaviškio vyskupijos kurija, čia gyveno vyskupai. 1940 m. dvaras buvo likviduotas, vykdant sovietinį žemės reformos įstatymą. Antrojo pasaulinio karo metais dvaras buvo tuščias, po karo įsikūrė Vilkaviškio tarybinio ūkio administracija.

Carinės Rusijos laikais Vilkaviškis, būdamas Mažosios Lietuvos pasienyje, tapo svarbiu gabenamos draudžiamos lietuviškos spaudos platinimo centru. 1926 m. Vilkaviškis tapo vyskupijos centru, o parapijos bažnyčia – katedra. Antrojo pasaulinio karo metu Vilkaviškis buvo sugriautas, išliko tik 10 procentų pastatų, liko nenukentėję tik 48 pastatai. Neveltui tų dienų armijos laikraščiuose mūsų miestas vadinamas „Mažuoju Stalingradu“. 1950 m. panaikinus apskritis, Vilkaviškis tapo rajono centru. Daugelis gyvenamųjų namų imta statyti tik šeštojo dešimtmečio pabaigoje ir septintojo pradžioje. Atkūrus Lietuvos nepriklausomybę, 1991 m. atstatytas Nepriklausomybės paminklas, 1996 m. atidengtas J. Basanavičiaus paminklas, 1998 m. – V. Kudirkos paminklinis biustas. Tais pačiais metais atstatyta Vilkaviškio katedra.

Apie suvalkiečius sukurta daug šmaikščių anekdotų. Žiūrėk, kad krimstels, tai neturi akių kur dėt. Mes lyg kokie bulgarų gabroviečiai: savanaudžiai, godai, nevėkšlos (mat kaimuose pirčių nebūta). Nors Vilkaviškis pačiame Suvalkijos centre, apie save, žinoma, suvalkiečiai galvoja geriau. Pats Vilkaviškis, kaip miestas, niekad nebuvo Lietuvoje garsus. Tačiau apskrityje išvydo pasaulį tiek būsimųjų garsenybių, kad gali pavydėti kiti rajonai. Tai dr. J. Basanavičius (Ožkabaliai), dr. V. Kudirka (Paežeriai), S. Nėris (Alvitas – Kiršai). Ir koks paradoksas – ne ką apie Vilkaviškį nutuokdavo daugelis kitų apskričių gyventojų – yra toks, ir tiek, – tačiau kiekvienas šviesesnis Lietuvos žydas žinojo, jog „seniausias ir brangiausias Lietuvoje žydų Šventraščio rankraštis“ saugomas Vilkaviškio sinagogoje. Vilkaviškiečiai gali pasigirti, kad Virbalyje žemės turėjo net pats Martynas Mažvydas. Miesto laukuose Napoleonas paskelbė karą Rusijai. Todėl Vilkaviškį mini ir L. Tolstojus.

Vilkaviškis išaugo iš kaimo, įsikūrusio XVI a. antroje pusėje Birštono girios vakariniame pakraštyje, Vilkaujos ir Šeimenos santakoje. Pro jį ėjo kelias iš Kauno į Prūsiją. Miesto pavadinimas kildinamas iš gyventojo, pavarde Vilkas ar Vilkaujiškis, atsikėlusio iš anapus Nemuno, arba nuo Vilkaujos upelio. Apie Vilkaviškį esti daug padavimų. Štai vienas padavimas apie Vilkaviškį:

„Lygus Sūduvos kraštas senovėje miškais liūliavo. Jis buvo ir priešams, ir saviems neprieinamas. Tik vėliau žmonės pradėjo tuos miškus retinti, kurti naujas sodybas. Mažėjo Sūduvos miškai, lietuvio kirvio paliesti, bet vis dar liko jo dideli plotai: nuo Prienų, dabartinės Marijampolės, vokiečių sienos ligi Nemuno ėjo miškai. Tuos miškus raižė upeliai, juose telkšojo pelkės ir balos. Ne kartą į šiuos miškus atkreipdavo akį lietuvis, ieškodamas naujų sodybų, ne kartą į juos mėgino įžengti drąsus medžiotojas, bet jų gilumą kas galėjo pasiekti? Tačiau atsirado vienas drąsuolis, leidosi į miško gilumą, nebijodamas pelkių, nebijodamas žvėrių. Ilgai klajojęs, rado vieną aiškesnę vietą – dviejų nedidelių upelių santaką (gal tai vieta, kur dabar stovi viešoji biblioteka). Prie jos netoli buvo plati aukštumėlė, ir čia nutarė perkelti savo sodybą. Grįžęs saviškiams papasakojo apie naujai atrastą sodybą, tik baisėjosi vieno dalyko – daugybės vilkų.
– Prie to upelio tikra vilkauja, tiek daug vilkų.
– Tai mes į tą vilkaują ir eisime gyventi? – klausė kiti šeimos nariai.
Ir teko artimesniajam prie aukštumėlės upeliui Vilkaujos vardas.
Atsiskyrė viena šeimyna, nuėjo į miško tamsumas ir su kitais žmonėmis retai tepasimatydavo.
Ir kiti žmonės ne pavarde tą žmogų žinojo, tik kaip Vilkaujos gyventoją. Netrukus jo sodyba išsikirto skynimus, išplėšė kelmus, o šioje žemėje atsirado derlingos varsnos. Ir pasklido apie tą Vilkaujiškį, Vilkaujos gyventoją, gandas po plačias apylinkes, pasiekė net aukštus ponus. Išsirengę į medžioklę jie ir panoro pamatyti tą vienišą girių gyventoją, žmonių vadinamą Vilkaujiškį.
Nuo tada Vilkaujiškis džiaugėsi, gėrėjosi ne tik savo sodyba, bet ir brangiais svečiais.
Bėgo metai, miškai siaurėjo, atsirado ir daugiau toje vietoje gyventojų, bet visi tik Vilkaujiškį težinojo. Tada atsirado į didėjančią sodybą naujų kelių, pro ją keliavo iš Prūsų į Kauną, iš Sūduvos gilumos į panemunes. Žmonės toli toli žinojo Vilkaujiškį, net už Lietuvos sienų, tik daug kas nežinojo, kad tuo vardu buvo vadinamas pirmasis tos vietos gyventojas.
Taip atsirado Sūduvos žemėlapy nauja vieta – Vilkaujiškis, tik ne ilgam: sunkų Vilkaujiškio tarimą imta keisti į lengvesnį, sklandesnį, ir netrukus visi žmonės mielai sutiko perkrikštytą – Vilkaviškį.“