J. Totoraičio, parašiusio Sūduvos Suvalkijos istoriją, nuomone, Vilkaviškis atsirado kaip Prienų girios kaimelis XVI a. pradžioje prie Kauno–Prūsijos kelio. Kaip yra rašęs kalbininkas Aleksandras Vanagas, „miesto vardas yra priesagos -iškis vedinys iš upės, prie kurios įsikūręs miestas, vardo Vilkauja. Pirmesnė miesto vardo lytis buvo „Vilkaujiškis“, vėliau virtusi patogesniu ištarti variantu „Vilkaviškis“.

Seniausią datą, kada pirmą kartą buvo paminėtas Vilkaviškio vardas, nurodo prieškario Vilkaviškio burmistras A. Sajeta. Knygoje „Vilkaviškio savivaldybė 1918–1938 m.“ minima, kad XVI a. viduryje (apie 1561 m.), žymint Alvito (Paširvinčio) ribas, karalienė Bona Sforca buvo paminėjusi ir Vilkaviškį. Tačiau dažniausia įvairioje literatūroje minima data yra 1620 m., kada Prienų seniūnas Steponas Pacas jame pastatė pirmąją bažnyčią. 1623 m. balandžio 20 d. Zigmanto III Vazos konfirmacinėje privilegijoje sakoma, kad Vilkaviškio bažnyčią pastatė LDK raštininkas, Prienų ir Birštono valdytojas, Birštono girios administratorius Steponas Pacas su žmona Ona Rudaminaite netoli Prūsijos sienos, prie kaimelio, vardu Vilkaviškis, kad plistų katalikų tikėjimas, nes ten dar buvo laikomasi pagoniškų papročių. Bažnyčiai išlaikyti valdovas paskyrė Šelmų (Szelmy) kaimą su 10 valakų žemės, Mekšrinio ežerą, patvirtino bažnyčios ir klebonijos sklypus, taip pat kasmet po 6 grašius iš kiekvienos sodybos.

1633 m. birželio 18 d. Vladislovas IV leido Steponui Pacui perleisti Vilkaviškio seniūniją sūnui Kristupui (nors tada buvo 12 metų). 1655 m. spalio 13 d. Vilkaviškio girininkiją iš Magnuso de la Gardie gavo amžinai Jonas Mieženskis (Mierzenski). 1660 m. Vilkaviškiui buvo suteiktos miesto teisės. Vilkaviškio administratoriumi tapo Steponas Pranciškus Medekša.

Labai sena ir didelė buvo Vilkaviškio žydų bendruomenė. Prienų seniūno S. Paco žmonos Onai Rudaminaitės padedami 1623 m. Vilkaviškyje žydai pasistatė medinius maldos namus – sinagogą. Tarpukario laikotarpiu Vilkaviškyje buvo dar kelios mažesnės sinagogos. 1679 m. balandžio 7 d. Jonas III Sobieskis žydams išdavė privilegiją, kuria leidžiama kurti laisvą miestą ir jame plėsti prekybą (miesto kūrimo privilegijos data nenurodoma, matyt, 1660 metai), leido Vilkaviškio žydams naudotis tomis pačiomis laisvėmis kaip visoje LDK, t. y. savo namuose pardavinėti gėrimus, tiek brangesnes, tiek pigesnes prekes, turėti mokyklą ir 3 namus prie jos, už kuriuos neturės mokėti miestui ir valstybei mokesčių bei atlikinėti prievolių dvarui ar miestui. Mieste, kaip ir kituose miestuose, galėjo nevaržomi darbuotis žydų amatininkai: auksakaliai, siuvėjai, odadirbiai, skardininkai ir kiti. Miestiečiai jų negalėjo versti jungtis į cechus ar atlikinėti cechų prievoles. Žydai galėjo turėti savo kapines ir netrukdomi ten laidoti mirusiuosius pagal savo papročius. Taip pat ir už pirtį, pastatytą jų pasirinktoje ir nusipirktoje vietoje, žydai neturėjo mokėti jokių mokesčių, tačiau ji negalėjo veikti per didžiąsias katalikų šventes, pavvzdžiui, per pirmąsias Velykų ar Kalėdų dienas. Jie galėjo netrukdomi pasistatyti skerdyklą ir joje pardavinėti bet kokią mėsą. Tie, kurie laikė smukles, pagal kanclerio K. Paco nurodymą, turėjo mokėti gėralų mokestį: už alų po 1 kapą, už midų – tiek pat, už degtinę – po puskapį grašių.

Apie miesto dydį galima spręsti iš 1699 m. liepos mėn. universalo, kuriame nurodyta, kiek kuris miestas ar miestelis moka Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės pašto reikalams. Paminėsime tik kai kuriuos artimesnius miestus ir miestelius: iš Prienų buvo numatyta gauti 60 auksinų, iš Virbalio – 65, iš Naumiesčio – 30, iš Vilkaviškio – 25 auksinus mokesčių. Taigi iš aplinkinių miestelių jis buvo pats mažiausias.

1730 m. balandžio 15 d. Augustas II suteikė teisę iki gyvos galvos valdyti Vilkaviškio seniūniją ir Vilkaviškio seniūno, Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės kanclerio ir kariuomenės generalinio regimentoriaus Mykolo Kaributo Višniaveckio žmonai Teklei Radvilaitei-Višniaveckai. 1732 m. Vilkaviškio seniūnijos inventoriuje nurodoma, kad tuo metu Vilkaviškio mieste buvo turgavietė ir šios gatvės: Dvaro (Zamkowa), Gudelių (Gudelska), Kauno (Kowienska), Naumiesčio (Wladyslawowska), Aukštoji (Wysoka), Varšuvos (Warszawska) ir Gardino (Grodzienska). Mieste buvo 25 krautuvėlės. Surašyti ir kaimų valstiečių mokesčiai, nurodytas dirbamos žemės plotas.

1738 m. Vilkaviškio seniūnija buvo valdoma Vilniaus vaivados, Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės didžiojo etmono Mykolo Servanto Kaributo Višniaveckio, tačiau ją administravo Anastazijus Danovskis, iždo raštininkas. To meto seniūnijos inventoriuje nurodyta, kad Vilkaviškio mieste buvo 19 seniūnijai priklausančių kiemų. Paties magdeburginio miesto kiemų skaičius nenurodytas, tik sakoma, kad miestas už sklypus ir krautuvėles dvarui moka 290 auksinų 14 grašių, už dirbamą žemę – 400 auksinų, miesto gėrimų mokesčio nuoma ir malūnas duoda 1800 auksinų 10 grašių pajamų.

Vilkaviškio seniūnijos 1747 m. inventoriuje pažymėta, kad Vilkaviškio mieste buvo kvadratinė turgavietė (jos trijose kraštinėse buvo po 4 sklypus, ketvirtojoje – 3 sklypai), Gardino (9 gyventojai), Varšuvos (28), Žydų mokyklos (Szkolna, 19 gyventojų, žydų pirtis ir sinagoga), Kišeniškių (Kiszeniszka, 41 gyventojas), Aukštoji (20), Kauno su skersgatviais (30), Gudelių (26), Dvaro (16 gyventojų). Turgavietėje stovėjo 31 krautuvėlė. Buvo surašyti miesto tvarkymosi nuostatai. Taigi, palyginti su 1732 m., atsirado dvi naujos gatvės ir Kauno gatvės skersgatviai. Buvo 204 gyventojų sodybos.

Per Rusijos-Prūsijos karą, kai per Lietuvą nevaržoma žygiavo Rusijos kariuomenė, kaip ir kitos Lietuvos vietovės, nukentėjo ir Vilkaviškis bei apylinkės. 1757 m. nuostolių rejestre minima, kad maskoliai kalmukai padarė seniūnijai didelių nuostolių, buvo nusiaubtas ir Paežerių palivarkas.

1773 m. gruodžio 26 d. privilegija Stanislovas Augustas suteikė teisę Vilkaviškio seniūniją, valdomą Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės didžiojo etmono Mykolo Oginskio, iki gyvos galvos valdyti ir jo žmonai (jeigu vyras mirtų) Aleksandrai Čartoriskaitei-Oginskienei.

1776 m. sausio 25 d. sudarytame Kauno pavieto padūmės mokesčių mokėtojų sąraše nurodyta, kad Vilkaviškio parapijoje yra 1 Oginskių valdomas Vilkaviškio dvaras, Vilkaviškio mieste – 39 žemdirbių kiemai ir 96 kiemai, sklypuose ir Vilkaviškio klebono Lachovskio jurisdikcijoje buvo 5 sklypininkų kiemai daržuose ir špitolė (taigi mieste buvo daugiau kaip 140 kiemų). Iš viso parapijoje buvo 809 valstiečių, 4 dvarų ir 7 bajorų kiemai.

Vilkaviškis XVIII a. pabaigoje kelis kartus degė. Žinomi 1781 m. rugsėjo bei 1782 m. birželio ir spalio mėnesių gaisrai, per kuriuos sudegė 40 žydų namų (liko nesudegę 106 gyvenamieji namai) ir 7 krikščionių namai, taip pat dvaro smuklė, žydų spirito varyklos, prekių sandėliai, namų turtas. 1782 m. spalio 31 d., nustatant gaisro nuostolius, buvo konstatuota, kad sudegusių pastatų vertė 39 920 auksinų, turto vertė – 58 050 auksinų.

1790 m. duomenimis, mieste buvo 5 smuklės, 44 žemdirbių ir 231 daržininkų bei trobelninkų kiemas. Taigi iš viso mieste buvo 280 kiemų, be bažnyčios, sinagogos ir kitų visuomeninės paskirties pastatų, už kuriuos mokesčiai nebuvo renkami. 1791 m. gruodžio 9 d. privilegija Stanislovas Augustas atnaujino miesto teises, patvirtino herbą, leido turėti miesto plytinę.

1794 m. ties Vilkaviškiu generolas Chlevinskis kovėsi su Prūsijos kariuomene, tačiau nesėkmingai. 1795 m. Vilkaviškis buvo prijungtas prie Prūsijos. 1800 m. buvo 314 gyvenamųjų namų, 1804 gyventojai (daugiausia žydai). Miestą, buvusį prie prekybinio kelio į Karaliaučių, pradėta tvarkyti, grįsti gatves, statyti naujus namus. Jame stovėjo prūsų husarų eskadronas su 219 žmonių.

Po 1795 m. Lietuvos ir Lenkijos valstybės trečiojo padalijimo dalis Lucko, Vilniaus ir Žemaičių vyskupijų pateko Prūsijos valdžion. 1800 m. statistikos duomenyse randame, kad „Vilkaviškis – katalikiškas miestas, turi 7 gatves, 305 kiemus (įskaitant ir 1 bažnyčią). Pievų ir dirvų – 56 valakai 5 margai. Buvo 1 vėjinis malūnas, 28 smuklės, 23 spirito varyklos, 35 degtinės gamyklos, 65 šuliniai. Gyveno 2077 žmonės (t. y. 550 šeimininkų, 478 šeimininkės; samdomi: 6 bernai, 25 piemenys, 27 mergos, 18 padienių samdinių); iš bendro gyventojų skaičiaus buvo 1236 žydai, 3 dvasininkai, 10 prekybininkų, 149 amatininkai, 3 magistrato tarnautojai, 3 policininkai, 1 miestietis atvykėlis. Pastatai: 12 namų, dengtų čerpėmis („degpadėmis“), 294 – gontais, buvo 40 kluonų, 18 sklypelių neapgyventi. Miestas mokėjo 425 talerius 30 grašių mokesčių. Iš prekybininkų paminėti šie: 4 prekiavo šilkais, 4 audeklais, 2 vilnoniais audiniais. Amatininkai: 1 vaistininkas, 1 barzdaskutys, 10 kepėjų, 2 statindariai, 20 aludarių, 3 knygrišiai, 2 vindininkai, 11 skerdžių, 9 stiklintojai, 2 auksakaliai, 4 kalviai, 2 skardininkai, 10 kušnierių (vilnuotų kailių siuvėjai ir pardavėjai), 4 kailiai, 1 mūrininkas su mokiniu ir pamestriu, 1 malūnininkas, 1 pasamonininkas (sijonų pažemių reguliuotojas), 1 vamzdžių gręžėjas, 1 balnius, 2 šaltkalviai su pameistriais, 30 siuvėjų su dviem pameistriais, 3 staliai, 1 dailidė (triobų statytojas), 1 milius”.

1806 metais Napoleonui Bonapartui nugalėjus Prūsiją, vokiečiai iš Užnemunės pasitraukė. Įsigaliojo Napoleono konstitucija. 1812 m. birželio 22 d. Vilkaviškyje apsilankė Napoleonas Bonapartas.

1815 m. Vienos kongrese Varšuvos kunigaikštystė buvo perduota valdyti Rusijos imperijai. 1816 m. sudaryta Augustavo vaivadija, kuriai priklausė Vilkaviškis.

1816 m. burmistras Jeziorkovskis parengė miesto planą. 1817 m. parengtas kapinių planas. 1820 m. kovo 20 d. Baltramiejus Kulvietis (Kulwiec) parengė Vilkaviškio miesto reguliavimo planą (3 egzempliorius), kuris buvo patvirtintas 1824 m. spalio 6 d. 1822 m. T. Rudzinskas parengė medinių tiltų projektą. 1830 m. Kazimieras Vansovičius parengė miesto pietinės dalies (nuo turgavietės) suplanavimo projektą, mūrinio bravoro projektą. 1839 m. L. Randau parengė centro scheminį planelį. 1827 m. Vilkaviškyje buvo 293 namai, 2889 gyventojai.

1842 m. Vilkaviškyje priskaičiuojama 344 kiemai, 1845 m. – 383 kiemai. 1851 m. statistikos duomenimis, Vilkaviškyje buvo 2 mūriniai valdiški namai, 48 mūriniai ir 308 mediniai privatūs namai, 6 miestui priklausę namai, gyveno 5505 gyventojai (2969 vyrai ir 2536 moterys), iš jų: 4315 žydų, 23 vokiečiai, 1 rusas. 1858 m. padaugėjo tik 2 namais, gyventojų skaičius beveik tas pats – 5503 gyventojai, iš jų – 4659 žydai.

Didėjant gyventojų skaičiui, Vilkaviškyje buvo pastatyta nemažai naujos paskirties pastatų. Nuo 1881 m. pradėta rūpintis telegrafo stoties įrengimu, 1895 m. buvo leista atidaryti vaistų sandėlį-vaistinę, muilo virimo fabrikėlį. 1904 m. pastatyta gyvulių skerdykla. Vilkaviškyje, kaip apskrities centre, buvo centrinės žinybinės įstaigos: apskrities viršininkas ir apskrities valdyba, taikos teismas su hipoteka. Čia stovėjo carinės Rusijos kariuomenės daliniai. Apie 1910 m. iškilo dideli raudonų plytų mūriniai pastatai, skirti spirito gamybai ir administracijai. Buvo pastatytos kelios aliejaus spaudyklos.

Pirmojo pasaulinio karo metais Vilkaviškis buvo vokiečių okupuotas du kartus. Antroji okupacija, prasidėjusi 1915 m. vasario mėnesį, užtruko daugiau kaip trejus metus. Jos pradžioje daug 18 metų ir vyresnių vyrų buvo išvežti į Vokietijos civilinių belaisvių stovyklas. Vokiečiai atiminėjo iš žmonių brangesnius daiktus, prasidėjo įvairios rekvizicijos ir kontribucijos. Prieš karą veikusios įmonės buvo uždarytos, įvedus leidimų sistemą, buvo varžoma prekyba, įvesta komendanto valanda.

1918 m. pabaigoje, susilpnėjus vokiečių okupacinei valdžiai, buvo leista organizuoti savo administracinę valdžią. Lapkričio 23 d. į pirmąjį Laikinąjį miesto komiteto posėdį susirinko 12 išrinktų komiteto narių. Iki metų pabaigos buvo sušaukta apie 20 posėdžių, kuriuose buvo svarstoma daug svarbių miestui klausimų. Buvo suorganizuota milicija, iš vokiečių okupacinės valdžios nupirkta elektros stotis, perimta gyvulių skerdykla, prekyvietė, ugniagesių garažas, išpirkta vaisių džiovykla. Vilkaviškio ir Kisiniškių dvarų žemė buvo išdalyta gyventojams. Prasidėjo naujų namų statyba. 1929 m. buvo įvestas privalomas pradinis mokslas. 1935 m. pastatyta pirmoji pradinė mokykla, o 1938 m. – ir antroji šešių komplektų mokykla. 1926 metais buvo įsteigta Vilkaviškio vyskupija, kurios centras buvo Vilkaviškyje. Pirmasis vyskupas – Antanas Karosas. 1930 m. pagal architekto Vytauto Landsbergio-Žemkalnio projektą baigta statyti kunigų seminarija, kuri veikė iki 1944 m., kai Raudonoji armija užėmė Lietuvą.

1931 m. gegužės 2 d. naujuoju Vietos savivaldos įstatymu Vilkaviškiui buvo suteiktos pirmaeilio miesto teisės. Savivaldybė rūpinosi miesto gatvėmis, namais, pramone ir prekyba. Buvo tvarkomos gatvės ir šaligatviai, namų išorė. 1933 m. pastatytas gelžbetoninis tiltas per Šeimenos upelį, kainavęs apie 90 tūkstančių litų. Jau pirmaisiais nepriklausomybės metais brolių Apriaskų firma aprūpindavo importinėmis prekėmis beveik visą Suvalkiją. Per Vilkaviškio prekybininkų rankas kurį laiką ėjo visas cukraus ir silkių importas. Stiprus buvo „Žiedo“ kooperatyvas, pradėjo veikti papirosų ir tabako fabrikas „Bravol“. Ketvirtojo dešimtmečio pabaigoje Vilkaviškyje veikė metalo dirbinių, indų, stiklo dirbinių, aliejaus, gazuoto vandens, batų, saldainių fabrikai, muilo viryklos, šerių perdirbimo įmonė. Mieste buvo du viešbučiai, veikė keletas spaustuvių.

1940 m. birželio 15 d. Lietuvą okupavę rusai Vilkaviškyje nacionalizavo privačias ligonines, fabrikėlius, dirbtuves, knygynus ir kitas įmones. Vilkaviškis, kaip pasienio miestas, buvo prikimštas rusų kariuomenės. 1941 m. birželio 13–15 d. gyvuliniuose vagonuose iš Vilkaviškio apskrities į Sibirą buvo išvežti 569 žmonės.

1941 m. birželio 22 d. 7 valandą ryte vokiečių kariuomenės lėktuvai bombardavo miestą. Apie 11 val. mieste pasirodė pirmieji vokiečių kariai. Jie užėmė įstaigas, į nelaisvę paėmė visus uniformuotus tarnautojus. 1944 m., traukiantis vokiečiams, Vilkaviškyje vyko aršūs mūšiai. Liepos 31 d. į miestą ėmė veržtis tarybiniai tankai. Miestas keletą kartų ėjo iš rankų į rankas, kol rugpjūčio 2 d. į Vilkaviškį įžengė 3-ojo Baltarusijos fronto kariuomenė.

Karas kraupiai nusiaubė Vilkaviškį. Mieste tvyrojo ištisi griuvėsiai. Iki karo mieste buvo 800 namų, o 1944 metais liko tik 48 nenukentėję pastatai. Per pokario trėmimus iš apskrities (vėliau rajono) į tremtį 1948 m. buvo išvežti 1205 gyventojai, 1949 m. – 613, 1951 m. – 463 gyventojai.